Qui êtes vous ? quel est votre rôle dans la mission ? 

Je suis Erwan Legeay, ingénieur en génomique environnementale à la Station Biologique de Roscoff. Après presque 5 ans au sein de la plateforme de génomique Genomer, je rejoins en 2023 l’équipe ECOMAP (Écologie du Plancton Marin), la même année que le lancement de la Mission Bougainville.

Aujourd’hui je suis référent de la partie génétique du projet. J’assure la formation des VOA à Roscoff ainsi que le suivi à l’année des applications et des développements des protocoles pour générer les échantillons d’ADN. Je prends en charge le traitement des échantillons au laboratoire et je m’assure du traçage des données associées mises à disposition de la communauté scientifique.

Qu’avez vous travaillé avec les futurs VOA lors de leur formation à Roscoff du 17 au 21 août ?

Lors de leur venue à Roscoff, les VOA sont formés à la partie génomique de la mission.

Cela commence par une partie théorique sur la technique de metabarcoding appliquée à l’étude de la diversité du plancton marin. Pendant ce volet, on étudie les protocoles allant de l’échantillonnage à la production de données de séquençage et ce jusqu’à l’analyse bio-informatique avec Nicolas Henry.

On poursuit avec la mise en pratique du protocole que réaliseront les VOA sur le terrain avec le Lamprey, l’instrument de filtration permettant de concentrer la biomasse planctonique. Je m’assure qu’ils seront autonomes pour générer des échantillons d’ADN et ce, de façon harmonisée une fois qu’ils seront répartis sur les différentes unités de la marine.

Enfin, avec Zoé Raphalen, l’ingénieure coordinatrice de la mission, je les accompagne dans leur entraînement à l’échantillonnage en mer, où ils vont répéter le déploiement de la CTD et les prélèvements aux filets à plancton.

C’est toujours un moment particulier cet embarquement, car on entre dans la partie concrète de leur mission. De retour à terre, les VOA déroulent le protocole pour analyser leurs échantillons, bien que cette partie soit normalement réalisée à bord des BSAOM. C’est d’ailleurs l’objet de la dernière journée de formation, la visite d’un bâtiment similaire, le BSAM Rhône, à la base navale de Brest. Elle permet ainsi aux VOA de mieux se projeter dans leur futur environnement de travail.

Quels sont les points les plus importants de leur travail pour garantir la qualité des échantillons ?

Il y a deux points critiques. Le premier, c’est le risque de contamination lors du prélèvement. Il est important de bien respecter les bonnes pratiques liées aux applications de biologie moléculaire pour ne pas contaminer l’échantillon. Cela se traduit, par exemple, par le port de gants et la désinfection du matériel utilisé.

Le deuxième, c’est le risque de dégradation de l’ADN lors de la conservation des échantillons. Il faut veiller à la bonne conservation des échantillons à bord, lors de leur transfert à la base jusqu’à leur envoi au laboratoire.

Pouvez parler du traitement des échantillons de micro-plancton prélevés par les VOA une fois qu’il sont été rapatriés à Roscoff ?

Une fois rapatriés au laboratoire à Roscoff, les échantillons sont extraits. Concrètement, l’ADN contenu dans les cellules est libéré via des procédés mécaniques et chimiques avant d’être purifié. Ensuite, chaque extrait d’ADN est contrôlé. On s’assure ici que la qualité et la quantité d’ADN obtenues respectent les standards requis pour être séquencées. Enfin, les échantillons sont conditionnés pour être envoyés au Genoscope à Evry, le centre de séquençage.

Sont ils archivés  et peut-on imaginer que des nouveaux traitements soient réalisés dans le futur avec de nouvelles technologies de génomique ?

C’est seulement une partie des extraits d’ADN des échantillons qui est utilisée pour le séquençage. Le reste des extraits est stocké à long terme. On peut effectivement imaginer utiliser à nouveau ces échantillons pour une application différente du metabarcoding, dans la mesure où ceci respecte les prérequis de la technique envisagée.